Mit der neuesten Version lassen sich viele App Funktionen in das System modden. Vor allem solche von Microsoft.

Die Partnerschaft von Cyanogen mit Microsoft trägt Früchte. In der Mod Version von CyanogenOS 13.1 kann man einige Funktionen von Apps direkt im Betriebssystem aktivieren. Und es ist wohl kein Zufall, dass diese überwiegend mit Microsofts Apps und Diensten zu tun haben. Mit den Mods lässt sich der Lockscreen anpassen, man kann Skype-Funktionen direkt in die Telefon-App bringen oder Cortana als Auslöser für die Kamera verwenden.