Der Datenschutz stand bei der Konzeption der App Grüner Pass im Vordergrund, da es sich bei den zu verarbeitenden Daten um besonders sensible Gesundheitsdaten handelt. Daher bleiben sämtliche Daten in der App und in der Sphäre der jeweiligen Userin bzw. des jeweiligen Users. Die Zertifikate der Bürger:innen sind nur lokal auf ihrem Smartphone hinterlegt und die Daten der App werden in keinem zentralen System gespeichert oder nachverfolgt. Die Zertifikate werden zudem durch eine digitale Signatur geschützt und sind dadurch fälschungssicher. Die Nutzung von Smartphone-Wallets (u.a. Apple Passbook) wurde frühzeitig geprüft, jedoch auf Grund von Sicherheits- und Datenschutzbedenken durch den Einsatz von Cloud-Diensten der Smartphone-Hersteller beim Einsatz dieser Wallet-Funktionalität nicht umgesetzt.